正確な歴史はわからない部分も多いですが、黒豆（黒大豆）は中国が原産で、一説では日本へ約2,000年前に伝来したと考えられています。また日本で最初に作られたのは丹波国、現在の兵庫県篠山市付近だと言われています。江戸時代には、丹波篠山藩三代藩主である青山忠講（あおやまただつぐ）が将軍徳川吉宗に黒豆を献上したいへん喜ばれたという記録が残っています。このおかげで年貢が免除された事もあり黒豆の生産が奨励され、現在まで続く特産品となっていきました。
黒豆の煮豆は江戸後期にはすでに正月にかかせない料理のひとつになっていました。当時の風俗を描いた「絵本江戸風俗絵図」には「重詰の品は田作（ごまめ）、数の子、座禅豆（黒豆）の三重なり。併し家々の式により一定せざれども、この三種通常ゆる所なりとす」と書かれています。（参考文献：美味にて候）
余談ですが、黒豆納豆を最初に食べた人はラーメンと同じく「水戸光圀公」だったと言われています。